Cinco dias após o médico Nelson Teich deixar o Ministério da Saúde, a pasta mudou o protocolo de recomendação do uso da cloroquina e hidroxicloroquina. Após determinação do presidente Jair Bolsonaro, o governo federal passa a indicar esses medicamentos também para pacientes com sinais e sintomas leves do novo coronavírus. O protocolo anterior, definido ainda no mandato do primeiro ex-ministro da Saúde do governo, o médico Luiz Henrique Mandetta, recomendava o uso apenas por pacientes graves e críticos, com monitoramento em hospitais. Essa mudança foi um dos principais fatores para as demissões de Mandetta e Teich, que se recusaram a alterar o protocolo em sentido contrário ao que pregam os estudos científicos. Não há pesquisas que comprovem a eficácia da cloroquina no tratamento para Covid-19. Mesmo assim, desde o início da pandemia no Brasil, o presidente Bolsonaro advoga em defesa do remédio até que agora, com o general Eduardo Pazuello no comando da pasta interinamente, garantiu a mudança. Segundo informações da Folha de S. Paulo, o novo protocolo prevê a indicação da cloroquina com azitromicina, com dosagens diferentes conforme a sequência do tratamento e o quadro do paciente.